どうやらMT4ではプラグインなしで可能になったようです。
断片的ながら軽く備忘録です。
ウチの場合は「mixi」カテゴリーを左カラムの一覧に表示しないようしました。
単にmixi用のフィード配信のために作ったカテゴリで、ブログ上では表示される必要がありませんので。

<MTTopLevelCategories>
<MTSubCatIsFirst><ul></MTSubCatIsFirst>
<MTSetVarBlock name="catname">
<$MTCategoryBasename$>
</MTSetVarBlock>
<MTUnless name="catname" like="mixi">
<MTIfNonZero tag="MTCategoryCount">
<li>略
<ul class="cat-entry">
<MTEntries lastn="2">
<li>略</li>
</MTEntries>
</ul>
<MTElse>
<li><MTCategoryLabel>
</MTElse>
</MTIfNonZero>
<MTSubCatsRecurse>
</li>
</MTUnless>
<MTSubCatIsLast></ul></MTSubCatIsLast>
</MTTopLevelCategories>

<MTSetVarBlock>で変数catnameをカテゴリー名と指定して、<MTUnless>で呼び出した値（mixi）を持つカテゴリを表示しない、みたいな感じですか...？
なるほど？なんとなく自己納得です。
もっと詳しく知りたくなったら、上記のタグをヒントに検索することにします。